2017年11月17日金曜日

気温急降下

 今年の秋は、雨降りが多かった気がします。ここしばらく、久しぶりにカラッとした青空が。しかし、この季節にカラッと晴れると、いきなり気温が落ちたりしますね。
東京や大阪の気温を見ているそうでもないようですが、今週末、倉敷は一気に寒くなるようです。
 金曜日の最低気温、予報では2度。
 ついこの間まで暑さであえいでいたような気がするのですが。

 暑さと寒さと言えば。
 特に春頃から始まったチリプロジェクトの調整、春から2回南半球に飛んだり、書類はたくさん提出するし、いろいろな人たちと話をするしで、振り返ると、なかなか激しい半年間でした。
 やっとそろそろ落ち着きを見せてきて、別件で科研費の申請書書きも終わったし、気温が落ちるととも「平常モード」に帰ってきた気が。頭が冷えたような気分です。

 というわけで、平常モードの実験と解析と書物の毎日。
 今年は、研究費不足な一年で、お金がかかる実験はなるべく避けておりますが、一方で、これまでにいくつかやっていた次世代シークエンスのデータをねちねち解析すると、思わぬ収穫があったり。せっかくの平常モード、腰を落ち着けて色々まとめて論文につなげようと、解析と論文書きを同時進行。こう言うことは、ちょこちょこ出張が入ったり、提出書類が山積みになったりするとなかなかできない。頭冷やして平常モードって、本当にありがたい。

 去年は、修行はじめのスクリプト書きでなんとか配列解析→論文につなげたわけですが、今年は、ささやかながらスクリプトをデポジットするような論文にできるとよいな♫などと思いながら筆を進めています。
 

2017年11月10日金曜日

意外な効能

 このブログ、そもそも始めたのは、「狼煙効果」を期待して。

 私自身がこの研究所に着任して、新しいグループを立ち上げて新しいテーマで研究を始めて。。。というチャンスをいただいたわけですが、空っぽの部屋から新しいテーマで研究を始めると、、、、学会では発表をしていたのですが、論文がなかなか出せず。
 また、この研究所は大学のメインキャンパスから外れた所にある飛び地研究所。大学での授業を持っているわけではなく、となると、そもそも授業を担当することにより、自分がここにいる、と言うことを示すチャンスもない。できれば学生さんに来て欲しい、興味を持って欲しい、と思うと、これはなんとかExposure の機会を獲得せねば。
 つまり、自分が、この大学のこの研究所にいて、こんなことやってます、をなんとか知らせる方法として、このブログを始めたわけです。

 狼煙、っていうのは、ワイルドな匂いがする言葉として気に入っていたのですが、無い無い尽くしのスタートから、なんとか研究を軌道に乗せて結果を発表して、という、サバイバルな過程で選んだ言葉としては妙に適切かつ切実ですね。
 なんとか生きてるんだよ〜〜、という証に、、、っていうあたりが。。。。

 で、振り返ってみればほぼ5年間、ほぼ毎週活動状況を細々と続けているわけです。学生さんに読んでもらえているかは疑問ですが、思いもかけしない方が目を通してくださっている、というのも経験していたりします。以前、お目にかかったことのない他大学の先生から、集中講義担当のお誘いをいただき、しかし、テーマ違いのような気がして、「実は今はこんなことをやっているのですが、、、」と、このブログに言及したところ、こちらをご覧になってお声をかけてくださったとのこと。
 思わぬことに感激し、狼煙って大事だわ、などと思いました。
 
 同業者に読んでいただいている一方で、いつも読んでいてくださる方のお一人は、なんと中学校の同級生。
 中学校の3年間同じクラスで、その後顔をあわせることもなく成人し、しかしひょんなことから、米国ニューヨーク近郊の町で再会し、その後はご家族も含めてお付き合いさせていただいています。ちなみに、彼は、ビジネスマン。今でも米国で元気にご活躍中なわけですが。
 この間、その彼からメッセージが。
 『このあいだの記事に書いてあった、レファレンスにショートリードをマッピングして。。。。て、分かりやすく言うと、どういうこと?』夜、お酒を飲みながら読んでいたら気になったので、とのこと。
 彼が読んでいてくれているのは知っていたのですが、そして、実は書きながらそのことが頭をかすめ、もう少し説明工夫しようかな、、、、と思いつつ、そのまま載せてしまったのですが。
 こうやって、興味を持ってもらえると、とてもうれしいですね。週末のくつろいだときに面白く読んでいただけるって、なんというか、一番光栄です。
 色々表現を考えてお答えしたところ、それに対しても、「おお!わかってもらえた!」と言う手応えを感じるさらなる質問をいただいたりして、それも、と〜〜っても嬉しかったです。

 というわけで、Tさん、いつもお読みいただきありがとうございます。励みになります♫

 実は、自分でこのブログを読み返すと、x年前にはそんなこと考えていたのか?とか、こんな状態にいたんだ??とか、びっくりすることもしばしば。
 細々とでも長く続けていると、思わぬところで意外な効能を感じます。継続はなんとやらって、ほんとですね。

 
 
 

2017年10月27日金曜日

フロンティアあれこれ

 今週は、数名のゲストが研究所に見えてセミナーをしてくださいました。

 そのうちのお一人は、私自身が米国からこちらに帰ってくる直前あたりに一度お目にかかったことがある植物ウイルスの研究者(あちらは多分、お忘れとおもわれる)。
 そのころの彼女の研究は、他のウイルス研究者とはちょっと違った発想の研究を、ちょうど始められたあたりでした。
 その時のトークは、正直言って、彼女が求めている研究の方向というか、概念についてはよくわかったものの、研究の成果に当たる部分については、いまひとつ印象が薄い気がしていたのですが、あれから6年。

 今回のセミナーでは、面白そうなネタがざくざく見えてきている、という印象。ネタが多すぎて、手が追いつかないかも、と思えるような感じ。いいですね〜〜。

 そう、6年前は、技術的にもアイディア的にも、彼女の研究はいわば黎明期に当たっていたのだと思います。古典的な植物ウイルス学出身の方なのですが、フィールドサンプリングと次世代シークエンサーを使った網羅的な解析とを組み合わせ、そこから得たものを彼女お得意の分子細胞学的なアプローチに持ち込んで、対象も植物だけでなく、真菌(コウモリの病原体なのだそうです)にまで広がっており。
 アプローチを固定して、しかし対象の生物種についてはこだわらず、トピックもあちこち手を出しては面白いと思う方にずんずん進んでいく、こういうの、すごくアメリカっぽい。

 こういう、面白そうなものにはじゃんじゃん手を出して、周りはちょっとびっくりするけれど、ご本人は確信に満ちている、と言うタイプの研究者が多いのは、特に日本と対象的なアメリカの特徴だった気が。今回のスピーカーのような、一見節操がない?かのように見えて、しかしご本人にはちゃんと道が見えており、時間がかかっても、そのうち上がってくる成果に周りも納得。。。。って、これぞBlue Oceanに漕ぎ出す冒険。
 
 日本は、多分世界の中でもとりわけ職人気質・磨かれた技術を高く評価する国で、そのせいか、学生の頃からずっと同じ生物の同じ現象、人によっては同じタンパク質を扱って・・・という研究者、多い気がします。このアプローチは、特にそれだけ長い時間、携わる価値があると周りも認める研究対象であるほど、Red Oceanで戦い続けることを意味しますね。

 赤青どちらで勝負しても、新しい海をフロンティアとして求めるか、それとも、深く潜って行った先にフロンティアを求めるか、結局はフロンティア探しなわけですが。

 ヘテロシグマ研究も、Blue Oceanを目指したもの。そういえば、4年前に、こんな記事を書いたこともありました。今回のセミナーは、これから6年後に、面白いネタざくざく、につなげるためには?と考えるとてもよいきっかけをいただきました。

2017年10月20日金曜日

10月もあと10日

 早いもので、10月もあと10日。
 つまりは、今年が終わるまであと70日ちょっと?!

 月日が経つのは早いものです。気づくたびに驚いてしまいますね。

 この季節といえば、とりあえず科研費。
 今年は、大幅に申請書のフォーマットが変わりました。申請書のフォーマットが変わるということは、つまり、評価されるポイントも変わるはず。
 改変前後のフォーマットを見比べて、どんな評価を受けることになるのか、考え込んでしまいます。
 こういうときに面白いのが、 Twitter.どうしても、研究者をフォローしてしまうのですが、彼らのこのトピックに関するさえずりは、読んでいて笑えたり、身につまされたり。
 特に、今年から入った「申請計画を考えついた経緯」というのは、どう説明したら良いのか、というのは、研究者たちのツイートを見ていると、みんな迷っているようで。。。
 こうなったら、思いっきりポエムに書いてやる!的奇抜な書き出しの提案とか、純粋に、なんて書いたらいいんだ〜〜!という叫びなどなど、情報収集のつもりで覗いたはずが、ついつい楽しみで読んでしまうという。。。。

 うちの大学の学内締め切りは、11月はじめ。その頃までは、書き終わってもなんども読み直して、書き直しては思い直して元に戻し・・・という日々になってしまいます。
 何かの目標に向かって毎日を過ごす、というのは気持ちの良いもののはずですが、う〜〜ん、審査を受けることを考えると、やっぱりどよっと心重くなりますね。つぶやいたり囀ったりしている同業者の皆さんと、今年もこの季節を無事に通り抜けたいです。。。

 そんな一方で、最近満たしたヘテロシグマ葉緑体及びミトコンドリアゲノム。レファレンスは存在しているわけで、それと照らし合わせながら、マッピングして、アセンブルして、を繰り返して最終的なシークエンスを得るのですが、数ラウンド繰り返してだんだん整合性が取れてくるのは、地味な地味な長い作業ながら、何回やっても快感です。
 研究費の申請書のように、どう頑張っても結果に不確定要素が残るものに取り組んでいると、レファレンスありのアセンブリのように、頑張れば結果につながるとわかっているものを相手にできるのはありがたい。とっても心が落ち着きます♫

2017年10月6日金曜日

同業者たちの苦悩

 毎年のことながら、科研費応募の季節です。
 来年度からの命運がかかる季節、大学教員のうちのかなりが申請書書きにうなされる季節(だと思われる)。

 御多分に洩れず(?)、私自身も、これまでに落としてしまった申請書を取り出して、アイディアを切り貼りしたり、書き直したり、ため息をついたり、頭を抱えたり、、の毎日です。

 そんなある日、岡山大学のメインキャンパスにいる共同研究者のところに、ヘテロシグマを手渡しに行ってまいりました。
 せっかくだからとコーヒーブレイク。
 数年前、岡山大学に、小綺麗なカフェができました。学部の建物からは程よく離れており、さっぱりした内装で、可愛いカップでコーヒーが飲めるこのお店、客の年齢層が、大学にしては高い気が。

 そう、大学教員御用達なわけですね。お手軽Faculty Clubっていう感じ。
 別の大学から訪ねてくださった共同研究者と、直近同僚や学生さんの耳を気にしないでざっくばらんにおしゃべりするのにうってつけなお店なわけです。

 外壁全面ガラス張りのこのお店で、さんさんと秋の日の降る外の景色を眺めながらコーヒーをのみながら、いろいろ情報交換(研究だの、共通の知人だの、自分の所属部局の中の色々だの、雑多な話題なわけですが)。のどかとも言える午後のひとときのはずが、どうしても話題は科研費の申請書だの、研究費の獲得だの現実的かつ喫緊の課題に戻ってくる。。。
 と、あちらの方に座っている二人組が「基盤Cが。。。。基盤Bが。。。。」
 そのおふたりの後ろに席を取っていらした、もう少し静かめ・年配目のお二人が「・・・さんは、〇〇プロジェクトを持っているから××で。。。。」
 ああ、あの方々もこちらのお二人も、科研費or研究費の話をしている。共感とおかしさで、笑いを噛み殺す私たち。

 いやはや、この季節は、研究費獲得しなければ!の危機感が細かい細かい粒子になって空気中を漂っている気がしてしまいます。
 全然わかっていなかったけれど、私が学生だったときの先生方も同じお気持ちだったのでしょうか。。。
 なんとも妙な感慨に浸ってしまいます。

 全国の同業者の皆様、今年もご一緒にこの季節を無事乗り切りましょうね。って、結果を笑顔で受け取れるのはそのうちの25%程度というのが結局一番切ないのですが。。。。。

2017年9月29日金曜日

日常復帰

 チリ出張の興奮も冷め、日常復帰です。
 気温が少しずつ落ちていき、湿度も少しずつ下がり、特に朝方は、爽やかな秋!を感じることが多くなってきました。

 目新しい業務が多く、たくさんの人とのやりとりに興奮した出張でしたが、一方で、培養したり、実験したり、遺伝子配列の解析したり・・・という、私にとっての「日常」に復帰できるのは、本当にホッとします。
 これが私の本来の居場所なのだ!と、ちまちま遺伝子配列の解析ソフトをいじりつつ、PCRかけつつ、密かに心から納得したりもします。

 そして、毎年ながら9月末といえば、科研費書きに忙殺されているところです。う〜〜、今年は、ちゃんと通したい。。。。。
  今年もあと100日足らず。早いものですね〜。


2017年9月22日金曜日

チリの自然

 さて、チリの自然特集、です。チリとは、西側に太平洋、東側にはアンデス山脈がある、南北に長〜〜い国です。海、高山、平野の中には砂漠まであるわけです。この出張中には、この国の、4都市、北から、アントファガスタ、サンティアゴ、テムコ、プエルトモン、と巡ってきました。というわけで、それぞれの訪問地をご紹介。

 今回の出張は、サンティアゴについたのちに、すぐに北部アントファガスタに飛びました。
アントファガスタは、砂漠と海に挟まれた町で、銅鉱業の拠点でもあります。起伏のある砂漠がそのまま海につながっているような町。日本にいると、ちょっと考えられないような地形と雰囲気です。

 銅鉱業は、チリ第1の産業で、同じ職種でも、銅鉱業関係者は、他産業の関係者よりもお給料が良いのが歴然としているのだそう。
 移民が多く、町の中の地域によって貧富の差がはっきり分かれているのだそうです。






その町から車で10分ぐらい走った見晴らしの良い高台に連れて行っていただきました。
 なんだか、劇的な風景ですね。







この町は、古くは銀の鉱山があったそうで、その遺跡が残っています。
 古くは銀、今は銅で栄えてきた町なのですね。
 この辺りの水道水は、海水から塩分を抜いたものと、陸からなんと母つけてきた水を合わせているのだそうです。まず、雨は降らず、曇りは一年に25日、らしいのですが、この日は曇ってました!水分があまりにもないために、地衣類もほとんど生えていない、土がむき出しの土地です。街路樹などはすべて灌水しないと持たないのだそうです。

 1泊ののち、サンティアゴに飛んで一泊し、すぐに南の方にある、このプロジェクトのチリ本拠地テムコへ。



実は、今回の旅では、テムコで写真を撮りそびれてしまいました。チリは、今は冬の終わり、春夏は、緑豊かなテムコなのですが、この旅では、葉が落ちた木が多く、寂しい印象。

左の写真は、去年の11月にチリを訪ねた時、テムコから車で1時間ぐらいの郊外で撮ったものです。牧畜が盛んな地域でした。


さて、テムコにも一泊しただけで、次の日は、南の町、プエルトモンへ。こちらは車で5時間ほどのドライブです。
曇っていたのですが、時々晴れ間が見えます。写真の奥の方に見える白い小さい山は、オソルノ山という火山。この写真だとうまく見えないのですが、富士山の山頂をもう少し狭くしたような、優美な形。美しい山です。
 さすが地震大国チリ、実は、このあたり、火山が3つ並んでいるのです。一つは最近噴火して、山の上部が吹っ飛んだという話でしたが、私たちが訪ねた時にはその気配も感じられませんでした。

 プエルトモン、というのは、実は、パタゴニアと呼ばれる地域の北端にあたります。ここまでは、チリを縦断するハイウェイがつながっているのですが、プエルトモンは、その終点。チリの南部を世界地図で見ると、リアス式海岸が長くつながっているのがわかります。チリ人の表現によると、Continental Chile、つまり、南アメリカ大陸の一部にしっかりつながっているチリ国土は、ここで終わり。南に行くと、どんどん島やリアス式海岸が増えていき、陸路での旅が非常に効率悪くなるのだそうです。じつは、私たちの研究のサンプリングポイントの一つとして、南アメリカ南端に近いプンタアレナスという町が入っています。ここには、プロジェクトが本格的に始まったら、ぜひ行ってみたいのですが。。。。どんなところか想像を絶します。

 さて、プエルトモンのすぐ近くに、チロエ島という島があります。この島は、ムール貝の養殖と鮭養殖が盛んな地域で、赤潮の被害も出やすい地域。

 島、いっても、ほぼ四国ぐらいの大きさがあるとのことで、そうか、四国も島なんだなあ・・・。

 晴れ男Kさんのおかげで、この日は徹底的に良いお天気でした!
フェリーに乗って島に近づくところです。











 とにかく、緑豊かな島で、牧畜と漁業+観光で成り立っている島。
 小さなお家が多いのですが、長閑なで静かな生活ができそうな美しい島でした。






貝養殖城の近くの海水。本当に透明でびっくりしました。


このきれいな水あっての貝養殖で、ここで赤潮の被害が出たら、それは本当に大変なことだと実感。






 この町で、ずいぶん詰めた話し合いを持ち、かなりヘトヘトになってサンティアゴに移動。

 サンティアゴは、大都市です。高層ビルが立ち並び、その多くはガラス張り。
 チリは地震が多いのに。。。。と思ったのですが、チリの建造物の耐震性は定評があるのだそうです。
 比較的新しいピカピカのビルが立ち並ぶさまは、チリの現在の経済状態の良さを感じさせました。写真不足なので、この辺りは、また次にチリを訪問した時にでも。
 今後5年間、一年に2ヶ月程度は滞在することになる覚悟をしているので、逆に目の色変えて写真を撮るというモードになりませんでした。。。。

 最後に、アンデス山脈。
 サンティアゴ市内からは、アンデスが間近に見えます。空気が澄んでいる日が少なく、白っぽ画像になってしまい、残念。
 雪を頂いた峻険な山は、ほとんど神々しい。目に入るたびに感動してしまいます。今後5年間の二国間プロジェクト、どうぞ見守っていてください、と言う気分でした。